紅外光譜儀的使用和其他大型精密儀器的使用一樣，需要良好的試驗環境，對溫度、濕度都有嚴格的要求。環境溫度的高低和濕度的大小都會影響測量數據和儀器的使用壽命。

使用傅里葉變換紅外光譜儀時，室溫一般要求維持在20～35攝氏度間的一個固定溫度，溫度變化應小于±1攝氏度。溫差小，才不會造成譜線的漂移，造成測定數據的搖擺不定。除了室溫外，對濕度的要求也是極其嚴格的，濕度過大，會造成儀器使用發生故障，甚至造成高壓電源受潮、光學組件、等離子體點燃、可變電容放電等事故。一般要求室內濕度小于百分之70，最好控制在百分之45～60之間，并配有空氣凈化裝置。